妙木山、龙地洞、湿骨林三处虽有山、洞、林之别，但均以山为主体，这并不是偶然。在日本文化中，山自古以来便是最重要的修行场所，这一传统可以一直回溯到山伏初创的奈良时期。

山伏又名修验者，指为得神验之法，而入山修行之人，而山伏的始祖，正是役行者。在历史上，役行者通过对甲贺文化的影响而间接催生了忍者职业的诞生；在《火影忍者》中，六道仙人身上也有着役行者的投影：六道是火影世界中的仙人，而役行者也正是日本文化中的第一个“仙人”。

役行者有皇族血统，三十二岁入葛木山中的岩洞修炼，经三十余年而得道成仙。“行者”之名为后人对其敬称，役行者原名贺茂役君小角，正是后世大名鼎鼎的阴阳师贺茂忠行的先人，由此也可以说，役行者身上有着阴阳师与忍者两大职业共同的源头。通过在葛木山的长期修炼，役行者精通咒术同时可驱使鬼神，《续日本纪》中便有“小角能役使鬼神，使其汲水采薪。若用命，即以咒缚之”的记载。

这其中的“鬼神”，主要指的是前鬼与后鬼，1992年黑岩善宏与谷菊秀共同创作的《鬼神童子》便是以这个“铁三角”组合为主角的神怪类漫画。与前鬼、后鬼相应，阴阳师有着复杂的式神传说，而在《火影忍者》中，这一模式则被岸本齐史改编成了通灵兽——通过签订血契，通灵兽会随时听从相应忍者的召唤，在火影忍者中除了“中国风”十足的猿魔之外，最强的三大通灵兽也正是居住于三大圣地的蛤蟆、蛇与蛞蝓。

从役行者的生平中不难看出《火影忍者》对三大圣地的文化原型：修炼者以山岳为基地进行修炼获得神力，同时也通过修炼得以驱使通灵兽，甚至可以说火影世界中的圣地修炼也正是日本历史上山伏山岳修炼的“二次元化”。在传说中，天皇因为听信谗言而流放了役行者并使得后者所创造的修验道有了“异端”的微妙色彩，然而作为日本正统的佛教也有着源远流长的山岳修行传统，如701年制定的《大宝令·僧尼令》中规定修禅者若欲山居服饵须三纲提出连署方认可；自奈良时代后京都周边的山岳更被当作修行场所而隔离开来。役行者在被流放之后依然在夜晚飞至富士山修行，而佛教的最澄法师在受具足戒之后也隐遁于比睿山，由此看来妙木山、龙地洞、湿骨林三处的设定也是情理之中了。

至于蛤蟆、蛇与蛞蝓的设定至来自于江户时代的《儿雷也豪杰谭》。在这一故事中，主角儿雷也善用蛤蟆妖术，其妻为纲手，善用蛞蝓妖术；而夫妻二人的敌人大蛇丸所擅长的正是毒蛇妖术。

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