作品中的故事流程

①主人公江户川柯南恢复原本的身体，重回高中生的日常生活是本作品的主轴。而柯南恢复身份解开“黑衣组织’这一谜之犯罪组织的秘密则是本作最重要的故事主线。 

②作品中的时间流逝，虽然经常可以看到故事发生的时间与连载时的季节相吻合的现象，但其实新一和小兰一直都是高中二年级学生。关于这个青山老师是这样说明的“他们就像海螺小姐一样”。（《海螺小姐》是日本女性漫画家长谷川町子的漫画）。而且不仅限于漫画中，在TV动画里也经常会看到故事发生时间与动画放送时间相吻合的现象，哪怕在原作中本应是夏天发生的事件，为了配合放送日期也会出现冬天的场景。

③在作品中登场的道具也在不断改进变化着。例如新一的通信工具，随着时代的进步小学生也可以携带手机了。先不论新一幼儿化前，连载初期（新一幼儿化期间）也没有普及智能手机的使用。连载期间手机的发展由最初的大哥大到翻盖手机再到近来的大屏智能手机。最初经常出境的公用电话以及博士为柯南专门研发的耳环型手机等在作品中都也不曾在看到了。此外，连载初期的笔记本型警察手册消失，为配合现实世界2002年10月1日（日本平成14年）起的新徽章型警察手册（纵向打开的二折式，打开后可看到标记着衔级、姓名、照片、手册编号的卡片型证件和制服肩章图案化的徽章），变更为徽章型笔记本。从这些工具的细微变化也可以看出确实时代在改变、科技在进步。

作品中的人物关系

①登场人物中的大多数，像是围绕在柯南身边的众人以及警视厅刑警们，他们也都各自有着自己的恋爱故事，而作者青山也曾称这部作品是“包含恋爱的杀人漫画”。而说到人物角色之间的恋爱关系，大都是幼时就相识的设定，然后经常有根据过去发生的事进行插叙这样的故事展开。

②在推理作品中，虽然也有当犯人罪行被揭露后犯人自杀而死的情况，但是在《名侦探柯南》这部作品中死去的犯人却很少。而且在单行本内的作者自述中，青山老师曾说过“通过推理将杀人犯逼得自杀，此种行径其实与杀人犯并无区别”，柯南“用推理将犯人逼到自杀的侦探与杀人者无异”的发言作为本部作品的宗旨。未成年犯人、未成年被害者人数相对较少（只限杀人的话，漫画第11卷File.8-10的犯人和漫画第54卷File.6-11，第55卷File.1-2的被害者一同最年少，仅18岁）。中小学生和儿童被杀害的案例除回忆外一次也没有。并且，剧中已经登场过的角色再次登场时虽然存在被绑架及杀害的情况，但1次也没有成为犯人。事件解决后，对侦探角色、被警方逮捕的犯人的侦讯几乎看不到，柯南（新一）也不例外。对于犯罪者，特别是将无关的人一同卷入的行为绝不宽容。但是，例外的以生命面临危险或受到威胁、亲人被杀等非常贴切为动机的犯人，会有减轻刑罚、给予生存勇气、冰冷不恰当的关怀等情况进行。

其他

为了让剧情更加丰富，除追踪组织、解决案件、恋爱元素外，还加入了人物之间情感的流露(友情、亲情、背叛、报复)，一些生活上的常识，物理及化学知识。

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