长门因为弥彦的死，晓组织彻底成为了黑暗中的魔手，长门在制造出了佩恩之后，便开始重新笼络一批强大的忍者，作为晓组织的新鲜血液和中坚力量，收纳了蝎、宇智波鼬、干柿鬼鲛等不少人。

但在长门为晓组织寻找成员的时候，却得知了已经叛出木叶忍者村的大蛇丸正在调查晓组织，为了不让晓组织过早的曝光，长门决定派天道佩恩与蝎一起抓捕大蛇丸将其杀死。

当大蛇丸、佩恩天道以及蝎一碰面就火药味十足，大蛇丸之所以调查晓组织，除了获取他们的情报之外，更想得到宇智波鼬的写轮眼和长门的那双轮回眼。

于是蝎和大蛇丸没多久，就陷入了苦战中，并且是使用的是最强的三代风影傀儡，大战几百回合之后，蝎便利用傀儡术直接将大蛇丸打倒在地，而蝎更是嘲讽大蛇丸的实力如此的低。

但蝎没看出来的是，大蛇丸是故意借助蝎的攻击，自己佯装被打倒在地，实则是利用他们放松警惕的那一刻，大蛇丸快速的冲向在一旁观战并未出手的佩恩天道，希望也可以直接夺得轮回眼。

佩恩天道虽然一直没有出手，但一直都在观察他们的战斗，他知道大蛇丸并没有出全力，当大蛇丸冲到自己的面前，准备用手挖轮回眼的时候，佩恩天道直接轮回眼开启，一招神罗天征便将大蛇丸震到远处。

看到佩恩天道的实力，大蛇丸知道自己不是对手，但并不想就此放弃接触轮回眼和鼬神写轮眼的机会，于是便想加入晓组织寻求机会，而蝎也知道大蛇丸没安好心，便提醒长门控制的佩恩天道。

只是佩恩天道看中了大蛇丸的实力，但也知道大蛇丸的小心思，与其让大蛇丸四处打听晓组织，不如收复大蛇丸，让其加入晓组织，因为佩恩天道自信，在他的轮回眼下，大蛇丸是不敢做出什么忤逆之事。

大蛇丸也明白自己无论如何是得不到轮回眼了，所以在加入晓组织后，大蛇丸除了得到晓组织的情报之外，便就是想趁机夺取宇智波鼬的写轮眼。

但大蛇丸万万没想到的是，即便是宇智波鼬的写轮眼，也不是他唾手可得的，相反而是难于登天，在大蛇丸对鼬神出手没多久之后，大蛇丸就只能灰溜溜的跑了，重新开始了自己的科学研究。

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