在木叶中，除了那些普通的忍者以外，还有一部分忍者隶属暗部，这是一个非常隐秘的组织，有二代火影建立，主要负责一些特殊的任务，危险系数也是非常高的，平时都隐匿在普通忍者当中，只有执行任务时，才会出现。

暗部本来只隶属于火影领导，但在三代火影猿飞日斩时，志村团藏为了可以发展自己的力量，并且成为火影，便成立了根组织，只听命于他一人，并且不受火影的管制。志村团藏甚至有时候为了木叶村的利益，使用一些不人道的手段。

为此火影暗部便会安插一些人进入根组织刺探情报，以确保根组织还在可控制的范围内，在木叶中就有三个人进入到根组织，只可惜最后只有一人成名，其他人都死亡了。

宇智波止水

他是宇智波镜的后人，而宇智波镜和三代火影猿飞日斩是老朋友，都跟随二代火影修行，深的千手扉间的信任，这是宇智波一族中难得继承了火之意志的人，而宇智波止水同样也继承了火之意志，富有智慧，善于思考，同样也深的猿飞日斩的信任。更重要的是实力超群，最适合情报工作，但最后因为团藏的贪念所害，失去了一只写轮眼，为了不必要的混乱，自己选择自杀，是一位黑暗中的英雄。

宇智波鼬

宇智波鼬生长的年代，经过了许多次战争，看着那些死去的生命，让他在七岁的时候就已经思考人生的真谛，后来跟着宇智波止水耳濡目染，懂得分清轻重。经过好友宇智波止水的死亡，为了让自己的弟弟活下去，自己接受了那不平等的条件，亲手杀死了自己的宇智波一族的族人，包括父母。也因此成为了一个过街老鼠，人人喊打，但他依旧在黑暗中守护着木叶，即便死后，还解决了兜，破解了秽土转生的忍术，拯救了无数人。

旗木卡卡西

因为他的父亲在人们的指责中死亡，所以卡卡西为了让自己可以得到别人的认可，就付出了更多的努力，但他的汇报也是值得了。在忍者学校中，成为人人羡慕的天才，甚至在十二岁的时候就晋升为上忍，还进入暗部，成为木叶第一人。经历过根组织的洗礼，他又成为了精英老师，指导太子鸣人和佐助以及小樱，最后在第四次忍者大战中，指挥能力突出，被木叶高层看重，成为第六代火影！

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